蛋白质电泳（英语：Protein electrophoresis）是根据蛋白质带电量或分子量的大小把不同的蛋白质分开，起到分离纯化的效果。根据带电量分离的叫等电点电泳(二维电泳)，根据分子量分的是用十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳。后者的运用较广泛，与转膜技术，抗原抗体反应，和成像技术合起来就是分子生物学实验室常用的western-blotting。